Metoden og kvaliteten af data er løbende blevet forbedret. Der er derfor betydelig usikkerhed på resultaterne de første år, og sammenligning mellem sektorer og mellem år skal tages med forbehold. Ændringer i forbindelse med kommunalreformen giver især problemer med sammenligning mellem år for den kommunale og statslige sektor. Barselsfraværet i staten er baseret på sygedagpengeregisteret og kan derfor ikke sammenlignes med de andre sektorer. Se også varedeklarationen.